東京都老人総合研究所の田中雅嗣です。
7/1より、このサイトの臨時管理人となりました。宜しくお願いします。

投稿された方は、赤ちゃんのことをよく観察されているのだと思います。
「目を開けるとき、瞳を上に向ける」というのは、
人間が目を閉じるときに、眼球は上転する（上向きに回転する）という「ベル現象」と呼ばれる生理的現象を観察されているのではないかと推察します。
（反対に目を開けるときには、瞳は上から正面に戻ってきます）
（寝ている人の瞼を指で開けば、白目が見えます）

眼位の異常については眼科医にご相談下さい。
他に気になる症状があるならば、小児科あるいは小児神経内科の専門医の診察を受けてください。全ての情報を総合して判断する必要があります。
このドクター相談室では文字情報だけですので限界があります。

ベル現象についての解説を見つけましたので貼り付けます。
http://homepage3.nifty.com/sinkei/history1.htm
19世紀はじめに活躍した人が、スコットランドはエジンバラ生まれで、1804年ロンドンに行って外科医をし、1824年にロンドン王立大学生理学教授になったベル（Charles Bell, 1774-1842）です。
1823年の「眼球運動について」という講演論文では
「その速さのために見過ごされている眼球運動がある。眼瞼が閉じた瞬間、眼球は角膜を上眼瞼の下に上げる運動を起こす。」
と述べます。Bell現象です。
　彼はこれは閉眼時に角膜を保護するための運動であると論じています（Phil Trans R Soc Lond）。